Informatik für Biologen

Technische Universität Dresden Institut für Theoretische Informatik Lehrstuhl für Automatentheorie

Dr. Monika Sturm

Zum Inhalt der Lehrveranstaltung
(Bachelor-Studiengang Biologie und Bachelor-Studiengang Molekulare Biotechnologie)

Ziel der Lehrveranstaltung ist es, ausgewählte Konzepte der Informatik vorzustellen und ihre praktische Nutzung in der Biologie auszuloten. Dazu bezieht sich die Vorlesung auf die Schwerpunkte

• Mathematische Grundlagen der Informatik,
• Datenstrukturen und Algorithmen,
• Ausgewählte Sortieralgorithmen,
• Algorithmen zur Suche in Texten,
• Komplexitätstheoretische Analyse und Bewertung von Algorithmen,
• Programmierparadigmen in der Informatik,
• Imperative Programmierung in Python,
• Funktionale Programmierung in HASKELL,
• Formale Sprachen und Automaten sowie
• Modellierung des Rechnens mit Molekülen (DNA-Computing).

Informationen zum Beginn der Lehrveranstaltung im WS 2013/2014 am 15.10.2013

Die erste Vorlesung findet am Dienstag, den 15.10.2013, in der 2. DS (HSZ 403) statt. Zu den Modalitäten des Übungsbetriebes (mittwochs, 3. DS, INF/E010, mittwochs, 4. DS, INF/E008, Rechnerübungen in INF/E065) wird in der ersten Vorlesung informiert. Der Übungsbetrieb beginnt in der 43. Kalenderwoche (das ist eine ungerade Woche und damit im Stundenplan eine 1. Woche) am 23.10.2013.

Die Übungen sind für vier Übungsgruppen organisiert.

Zeitplan der Übungen

Es besteht die Möglichkeit, inhaltliche und organisatorische Fragen zur Lehrveranstaltung innerhalb einer Mailingliste zu diskutieren.

Lehrmaterial und Vorlesungsfolien

Vorlesungsunterlagen werden an dieser Stelle aktuell zur Verfügung gestellt, d.h. rechtzeitig vor dem Termin, an dem die Vorlesung gehalten wird.

Übungsaufgaben

Übungsaufgaben sind im Vorfeld der jeweiligen Übung auf dieser Seite zu finden und selbständig auszuarbeiten. In den Übungen erfolgt die Diskussion der studentischen Lösungen.

Beachten Sie während der Rechnerübungen bitte die Betriebsordnung des Fakultätsrechenzentrums.

Hinweis: Möglicherweise zeigt Ihr Browser beim Herunterladen der Lehrunterlagen eine Warnung vor einem „ungültigen“ Zertifikat an.Bitte akzeptieren Sie das Zertifikat, um die Lehrunterlagen herunterzuladen. Nähere Informationen finden Sie auch auf den Webseiten des ZIH und in der Dokumentation Ihres Browsers.

Verwendete Software

Im Kurs werden die Programme winhugs und PSPad verwendet.

Das in der Übung vorgestellte Werkzeug zur Visualisierung von Algorithmen j-Algo kann unter folgender Adresse heruntergeladen werden. http://j-algo.binaervarianz.de/

Literatur

Die hier erwähnte Literatur kann zum Teil über den WebOPAC der SLUB gefunden werden.

• T. Ottmann, P. Widmayer, Algorithmen und Datenstrukturen, BI Wissenschaftsverlag, 1993.
• U. Schöning, Theoretische Informatik - kurzgefaßt, Spektrum Akademischer Verlag, 1999.
• E.-E. Doberkat, Haskell, Oldenbourg Verlag, 2012.
• T. Häberlein, Praktische Algorithmik mit Python, Oldenbourg Verlag, 2012.

Dokumentationen

• The Haskell Home Page
• Report on the Programming Language Haskell 98
• Standard Libraries for the Haskell 98 Programming Language

Implementierungen

• Hugs Online - Embracing Functional Programming
• The Hugs 98 User Manual
• The Glasgow Haskell Compiler
• Clean

Foren

• Newsgroup comp.lang.functional
• Frequently Asked Questions
• The Haskell Mailing Lists